名侦探柯南：纯黑的恶梦国语

在漆黑的夜幕下，一名间谍如影随形，悄然侵入日本警方某机构，巧妙地盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方与 FBI 探员赤井秀一（池田秀一配音）紧随其后，与间谍展开了一场惊心动魄的追逐。最终，逃亡者的车辆失控，坠入悬崖。
次日，阳光洒满大地，柯南（高山南配音）与伙伴们兴致勃勃地来到东都水族馆，观光游览。不料，他们意外发现了一名受伤的美丽女子（天海佑希配音）。她彷徨于现实与虚幻之间，记忆如破碎的镜片，身上携带的手机也已破损无法使用。柯南等人出于善良的本性，答应帮助她找回失去的记忆。在他们七嘴八舌之际，躲在暗处的黑衣组织成员贝尔摩德（小山茉美配音）冷冷地注视着这一切。
随着相处的日子增多，女子非凡的身手和奇特的言行举止让灰原哀（林原惠美配音）对其真实身份产生了深深的怀疑。而此时，水族馆内依然洋溢着欢乐的气氛，人们欢声笑语，尽情享受着生活的美好，全然不知随着那名神秘女子记忆的恢复，自己即将被卷入黑暗组织的杀戮和混乱之中……